Đồng thời, Thông tư cũng bãi bỏ quy định liên quan đến tổ chức kiểm tra, cấp chứng chi tin học tại Khoản 5, Điều 3 Thông tư số 03/2011/TT-BGDĐT ngày 28 tháng 01 năm 2011 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của trung tâm ngoại ngữ, tin học; thay thế các quy định về tổ chức kiểm tra, cấp chứng chỉ tin học theo chương trình giáo dục thường xuyên quy định tại Quyết định số 30/2008/QĐ-BGDĐT ngày 06 tháng 6 năm 2008 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành quy định về tổ chức đào tạo, bồi dưỡng, kiểm tra và cấp chứng chỉ ngoại ngữ, tin học theo chương trình giáo dục thường xuyên.

Đối với các khóa đào tạo, cấp chứng chỉ tin học ứng dụng A, B, C (theo Quyết định số 21/2000/QĐ-BGD&ĐT ngày 03 tháng 7 năm 2000 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc ban hành Chương trình Tin học ứng dụng A, B, C) đang triển khai trước ngày Thông tư có hiệu lực vẫn được tiếp tục thực hiện, cấp chứng chỉ cho đến khi kết thúc. Các chứng chỉ tin học ứng dụng A, B, C đã cấp có giá trị sử dụng tương đương với chứng chỉ ứng dụng CNTT cơ bản.

Thông tư có hiệu lực từ ngày 10 tháng 8 năm 2016.