Đồng thời, chương trình này cũng xác định rõ mục tiêu đến năm 2015 có 100% doanh nghiệp sản xuất sản phẩm chủ lực, sản phẩm trọng điểm, sản phẩm quốc gia làm chủ được công nghệ tiên tiến để sản xuất sản phẩm; và đến năm 2020 tất cả các doanh nghiệp nêu trên không những làm chủ mà còn tạo ra được công nghệ tiện tiến để sản xuất sản phẩm.

Một trong những nội dung chính của Chương trình đổi mới công nghệ quốc gia đến năm 2020 là hỗ trợ các doanh nghiệp nhỏ và vừa đổi mới công nghệ. Cụ thể, chính phủ sẽ hỗ trợ các doanh nghiệp ứng dụng CNTT, xây dựng hệ thống thông tin quản lý nguồn lực doanh nghiệp và quảng cáo sản phẩm.

Bên cạnh đó, chính phủ sẽ xây dựng cơ sở dữ liệu về công nghệ mới, công nghệ tiên tiến và lực lượng chuyên gia công nghệ để tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa khai thác, sử dụng phục vụ đổi mới công nghệ. Các doanh nghiệp nhỏ và vừa cũng sẽ được hỗ trợ nghiên cứu, sản xuất thử nghiệm, ứng dụng công nghệ tiên tiến, đào tạo, thuê chuyên gia thiết kế, sản xuất sản phẩm mới, thay đổi quy trình công nghệ. Chương trình này cũng đặt ra nhiệm vụ hỗ trợ hình thành các cơ sở ươm tạo doanh nghiệp khoa học và công nghệ nghiên cứu, ứng dụng và sản xuất sản phẩm mới.

Nhằm hiện thực hóa các mục tiêu đề ra, 4 nhóm giải pháp sẽ được tập trung triển khai trong thời gian tới là: tạo mội trường pháp lý thuận lợi thúc đẩy hoạt động đổi mới công nghệ; phối hợp và triển khai đồng bộ các chương trình, đề án, dự án có liên quan đến đổi mới công nghệ; đẩy mạnh hợp tác quốc tế, khuyến khích sáng tạo công nghệ; và tăng cường nguồn lực tài chính thực hiện chương trình.

Trong chương trình này, chính phủ sẽ hình thành và đưa vào hoạt động Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia để tập trung đầu tư hỗ trợ doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ và vừa tìm kiếm, hoàn thiện, đổi mới và chuyên giao công nghệ. Quỹ này sẽ được bảo đảm kinh phí từ ngân sách nhà nước cùng với việc đa dạng hóa nguồn vốn đầu tư.

Để tổ chức thực hiện chương trình này, chính phủ sẽ thành lập Ban chỉ đạo chương trình với thành viên là đại diện lãnh đạo 14 Bộ, cơ quan. Ban chỉ đạo sẽ do Phó Thủ tướng Chính phủ làm Trưởng ban, Bộ trưởng Bộ KH-CN làm Phó Trưởng ban. Bộ KH-CN là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo.